Плаковският манастир "Св. Пророк Илия" е основан по времето на цар Иван Асен II, като първоначално се е намирал на няколко километра от днешната обител, където все още може да се види малка старинна църква. На сегашното си място манастира е издигнат през втората половина на 13в., и както повечето манастири около Велико Търново е разрушен по време на османското нашествие.
През 1450г. Плаковският манастир е възстановен, като впоследствие неколкократно е опожаряван и разграбван. През 1794г. Неофит Бозвели е посетил на два пъти манастира и обмислял заедно с монасите как да се подготвят и разпращат из страната учители и свещеници, които да служат на български език.
През 1835г. в Плаковския манастир е организирана Велчовата завера, като един от водачите и бил бившия игумен на манастира отец Сергий. След потушаването на заверата манастира е разрушен и за това напомня голяма мраморна плоча, поставена под манастирската камбанария.
Сегашния си вид манастира придобива след 1845г., когато е построена манастирската църква, жилищните сгради и кулата-камбанария.
Понастоящем Плаковският манастир е постоянно действащ.